برخى از رؤیاها در صداقت و راستى، نوعی الهام و نوعى آگاهى‏ غیبى است. یکى از آن رؤیاها، خوابى بود که شیخ مفید دید که حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها امام حسن و امام حسین (ع) را پیش او آورده و فرمود: «اى شیخ به این دو فرزند من فقه بیاموز».شیخ پس از بیدارى به حیرت و تفکر فرو رفت. صبح همان شب، فاطمه، مادر سید مرتضى و سید رضى، با خدمتگزاران خود که دور او بودند دو پسر خود، سید مرتضى و سید رضى را که در آن موقع از نظر سن، خردسال بودند، پیش شیخ آورده و گفت: «اى شیخ به این دو فرزند من فقه بیاموز.»شیخ مفید تحت تاثیر قرار گرفت و خواب خود را براى آن بانوى جلیل القدر بازگو نمود و براى تعلیم و تربیت آن دو برادر، اهتمام تمام به کار برد تا به مقام عالى علم و اجتهاد نایل آمدند و هر دو از ذخیره‌‏‌هاى ارزشمند اسلام و شیعه و از نوادر و نوابغ روزگار شدند.در مساله‌‌اى فقهى بین شیخ مفید و شاگردش سید مرتضى، اختلاف نظر شد و با بحث و ارائه دلیل، مشکل حل نشد.هر دو راضى به قضاوت امام امیرالمومنین على (ع) شدند. مساله را بر کاغذى نوشته و بالاى ضریح مقدس حضرت گذاشتند.صبح روز بعد که کاغذ را برداشتند دستخطى مزین به چنین نوشته‌‌اى دیدند که: «انت شیخى و معتمدى و الحق مع ولدى علم الهدى» (اى شیخ) تو مورد اطمینان من هستى و حق با فرزندم علم الهدى است.گفته‌‌اند که ابو سعید، محمد بن حسین، وزیر القادر بالله در سال 420ه.ق بیمار شد. شبى در خواب دید که امیر مؤمنان (ع)به او مى‌فرماید: «به عَلَم الهدى بگو براى تو دعا کند تا از بیمارى بهبود یابى.» وزیر عرض کرد:« یا امیر المؤمنین، علَم الهدى کیست؟» فرمود:«على بن حسین موسوى (سید مرتضى)»سید مرتضی، اولین کسى است که خانه‌‌اش را دارالعلم قرار داد و براى مباحثه و مناظره آماده کرد.زمانی که کتاب‌‌ها دست‌‌خط بود و صنعت چاپی وجود نداشت کتابخانه سید مرتضى حدود هشتاد هزار جلد کتاب داشت.کار ارزشمند دیگرى که سید مرتضى در این زمینه انجام داد این بود که یکى از روستاهاى متعلق به خود را براى تامین کاغذ دانشمندان و فقها وقف نمود.